مسئله ای که همواره در کار سازسازی موسیقی از جمله سنتور مطرح است وجود خطا در آن است که باعث می شود کیفیت و صدای سنتورهایی که یک سازنده می سازد یکسان نباشد. گاهی این خطا انقدر زیاد است که ممکن است از هر 10 سازی که یک سازنده می سازد فقط یکی قابل قبول باشد و یا حتی هیچکدام. حتی پیش آمده که در طول عمر سازسازی یک سازنده، فقط چند عدد انگشت شمار از سازهایش مطلوب بوده است و آن سازنده خود سالیان سال برای باز تولید آن سازها تلاش کرده و اما موفق نشده است.
در گذشته برخی از اساتید صاحب نام برای کم کردن خطا در ساخت پس از ساخته شدن ساز اگر آن ساز فاصله ی زیادی با ایده آل آنها داشت، ساز را از بین می بردند تا در پرونده ی هنری ایشان ثبت نگردد. اما بعدها برخی از سازندگان که نمی خواستند سازهای بی کیفیت خود را هم از بین ببرند و از درآمد حاصل از آن صرف نظر کنند، راه جدیدی یافتند و آن هم نشان دادن میزان رضایت خود از ساز ساخته شده با تعداد زدن مُهر روی آن بود. به این صورت که اگر از کیفیت و صدای سازی راضی نبودند فقط یکبار روی آن مُهر میزدند و اگر کمی راضی بودند دو مُهر و اگر خیلی ساز نظرشان را جلب می کرد سه مُهر می زدند. در بیشتر موارد یک مهر اضافه باعث اختلاف قیمت های زیاد شده که به میلیون هم میرسد و با این کار هم قیمتهای مختلف را پوشش می دادند و هم همه ی سازهای خود را به پول تبدیل می کردند. این روند هم اکنون نیز در کار بسیاری از سازندگان سازهای موسیقی ایرانی از جمله سنتور وجود دارد.
مشکلی که بیشتر با این روند ارزش گذاری پیش می آید این است که برخی از سازندگان چون کمتر از نوازندگی و شناخت صدا اطلاع دارند، بیشتر فاکتورهای مرغوبیت چوب که آن هم خیلی اوقات سلیقه ای است را در ارزش گذاری دخیل می کنند. یا اینکه چون دانش شناخت صدا و نوازندگی را ندارند در ارزش گذاری درست ناتوانند. به همین دلیل شاهد هستیم که بعضی اوقات صدای ساز یک مهر از ساز سه مهر بهتر است. متاسفانه کار به همین جا هم ختم نمی شود. چون خیلی اوقات سازنده فقط یک روش را یاد می گیرد و مثلا از ساز فلان سازنده الگوبرداری می کند و برای اینکه زود به مرحله تولید و فروش نزدیک شود همان روشی را که در اولین ساخته ی های خود داشته در پیش می گیرد و برای اینکه بتواند قیمت های بالا را هم پوشش دهد فقط تعداد دفعات مهر زدن را بالا می برد، در واقع این گروه از سازندگان فقط بلدند یک مدل ساز بسازند و فقط روی سازها تعداد مُهر متفاوت میزنند.
اما روش ساخت سنتورهای پژوهشکده سنتور به این گونه است که از قبل مشخص است که قرار است کدام مدل سنتور ساخته شود و هرکدام از روش های ساخت با توجه به آزمایش ها و پژوهش های انجام شده جواب خود را پس داده و به تکامل رسیده است. بنابراین ساخت سنتور از لحاظ دقت به شکلی است ما میدانیم از ابتدا قرار است چه مدل سنتوری و در چه سطحی تولید شود. سنتور آرزو، سنتور الماس، سنتور گوهر و ... برای مثال هیچگاه سنتور مدل آرزو نمیتواند به صورت اتفاقی از سنتورهای با سطح بالاتر پژوهشکده سنتور مانند مدل الماس یا مدل گوهر بهتر شود و یا حتی با آن برابری کند. همچنین با توجه به کنترل کیفیت نهایی سنتورهای پژوهشکده سنتور بسیار سخت گیرانه انجام می شود و هر سنتور چندین بار کوک میگردد، اگر در کار هر یک از استادکاران خطایی رخ دهد آن سنتور به هیچ وجه به فروش نمیرسد و در بایگانی باقی میماند.